Fue franciscana desde 1809, por un tiempo cuartel militar y parroquia jesuita

Potajes, cenizas, orín de caballo, sebo derretido y sangre corrieron por el altar y las naves de esta iglesia. Eran años de guerra civil en Colombia y el edificio se había convertido en cuartel, depósito y pesebrera. Se dice que soldados desesperados se suicidaron en las gradas del altar y que en las pilas bautismales se dio de beber a los caballos. Profanación que terminó con la guerra, pues entonces las autoridades eclesiásticas de Medellín reclamaron su propiedad y la obtuvieron en 1886.

La iglesia de San Francisco, construida entre 1803 y 1809, fue entregada entonces a los jesuitas, quienes antes de bendecirla le aplicaron agua, jabón y mucha escoba y estropajo para borrar todo rastro de inmoralidad dejado por la guerra. En 1927, los padres la rebautizaron y desde entonces pasó a ser el templo de San Ignacio de Loyola y cuarenta años después fue elevado a categoría de parroquia.

La iglesia nunca está vacía, y cada una de sus 31 misas semanales goza de una asistencia cercana al centenar de fieles, visitantes asiduos y otros esporádicos que saben que en el cielo no hay telefonía móvil, y así lo advierte el cartel de la entrada: “Si vas a comunicarte con Dios, apaga el celular”.